그러나 김대중(金大中)대통령은 오후 청와대에서 현대상선에 관련해서 이종남 감사원장으로부터 보고를 받고 "현대상선의 일부 자금이 남북경제협력사업에 사용된 것이라면 향후 남북관계의 지속적인 발전과 국가의 장래 이익을 위해 사법심사의 대상으로 삼는 것은 적절치 않다"고 말해 논란이 일 것으로 보인다.

청와대공보수석실 박선숙 대변은, 1월 30일 오후 청와대에서 현대상선 관련 이종남 감사원장으로부터 보고를 받은 자리에서 김 대통령은 “남북간의 대화와 협력을 통해 한반도에서의 전쟁을 방지하는 것이 국가 최우선의 과제라고 생각”해 왔다며 “이는 국민의 생존과 재산에 관한 문제이며 우리 경제의 존립에 관한 문제이기 때문”이라고 밝혔다.

그리고 김 대통령은 “개성공단 사업을 비롯한 현대의 철도, 통신, 관광 등 7대 사업은 민간차원의 경제협력사업이기는 하나 남북협력사업의 일환으로 추진되어 온 것이 사실”이라며, “현재 문제가 되고 있는 현대상선주식회사의 일부 자금이 남북경제협력사업에 사용된 것이라면 향후 남북관계의 지속적인 발전과 국가의 장래 이익을 위해서 사법심사의 대상으로 삼는 것은 적절하지 않다는 것이 나의 견해”라고 밝혔다.

그리고 “이 문제로 인해 남북관계의 좌절이나 이미 확보한 사업권의 파기 등 평화와 국익에 막대한 지장이 초래되어서는 안 될 것이며, 철도·도로 연결사업, 이산가족 상봉 등 남북협력사업에도 차질이 있어서는 안 될 것”이라고 밝혔다.

김 대통령은 또 “우리 국민 여러분에게도 민족과 국가의 이익을 위한 관점에서 각별한 이해가 있기를 바랍니다”며 요청했다.