이 과정에서 공주대학교는 기존의 공주대 명칭을 사용하자는 주장을 펴고 있고 천안공대 측은 양해각서대로 교명변경을 강력히 요구함에 따라 합의에 이르지 못한 것으로 알려졌다.
이로 인해 천안캠퍼스 부지확보와 시설확충 등에 정부와 자치단체의 지원이 늦어지고 있는 원인이 되고 있기도 하다.
두 대학은 방학기간 동안 공주대캠퍼스 교수 10명과 예산캠퍼스 교수 5명, 천안공대 교수5명등 20명으로 구성된 교명제정위원회를 통해 교명선정 작업을 벌여 왔었다.
3월 1일 법적인 절차를 마무리하고 출범한 통합대학은 당분간 기존 명칭을 유지하면서 최대한 빨리 통합교명을 확정짓는다는 계획이다.
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