법원이 24일 밤 검찰의 윤석열 대통령 구속기간 연장 신청을 불허하자 홍준표 대구시장은 "내란죄가 그렇게 가볍게 장난치듯 처리할 범죄이던가"라며 윤 대통령 사안에 대한 검찰의 무리한 수사와 기소과정에 대해 우려를 표했다. 

홍 시장은 이날 페이스북을 통해 "판사는 무효인 영장을 발부하고, 공수처 검사는 이 영장들고 대통령을 강제구금 하고, 수사권도 없는 공수처가 아무런 수사도 하지 못하고 검찰에 송치하고, 송치 받은 검찰은 관계법도 검토해 보지 않고 구속 기간 연장 신청했다가 기각되고, 그리고 아무런 조사도 없이 그냥 기소 한다고 한다"며 비판했다. 

이어 "애초에 내가 내란죄는 안된다고 했는데 이재명이 명 받들어 잽싸게 움직이더니 꼴 좋다"며 "그런 중죄를 다루는 공수처나 검찰이 하는 짓들 보니 원래 공수처 폐지론자였던 내가 이제 검찰 수사권도 폐지 하는게 어떤지 하는 생각마저 든다"고 했다. 

지난 2021년 8월 국민의힘 대선 후보였던 홍 시장은 페이스북에 "고위공직자 범죄수사처(공수처)도 폐지하겠다"며 “공수처는 폐지하고 검찰은 공소유지를 위한 보완수사 기능만 행사하도록 할 것이다.그간 정권이 바뀔 때마다 ‘정치 검찰’ 때문에 얼마나 혼란스러웠나. 사정기관을 검찰, 국가수사국, 경찰청으로 기능별 배치하고 직급도 동등하게 하겠다”고 주장한 바 있다.