대통령직 인수위가 그간 총 3,913억원이 투입된 경인운하 사업을 중단해야 한다는 입장을 표명함에 따라 파장이 일었다. 인수위의 사회문화 여성분과 김은경 환경담당 전문위원은 24일 한국개발연구원(KDI)의 경제적 타당성 조사와 건교부, 환경부, 시민단체등과 경인운하의 경제적 타당성 등을 검토한 결과 사업을 중단하는게 바람직하다고 판단, 노무현 당선자 에게 이같은 의견을 보고할 방침이라고 밝혔다. 그리고 이에 대해 건설교통부가 인수위의 결정을 수용한다는 입장을 밝혀 경인운하사업의 백지화가 기정 사실화되는 분위기였다.

그러나 정순균 인수위 대변인은 25일 "인수위 사회문화여성분과와 경제2분과가 경인운하사업을 중단하는 것이 타당하다고 발표한 것은 간사회의, 전체회의, 당선자보고 등 내부절차를 거치지 않는 분과 차원의 의견"이라며 "향후 추가 의견수렴 과정을 거쳐 결정될 것"이라고 말했다.

정 대변인은 "오늘 오전에 열린 간사회의에서 이같은 문제제기가 있었다"며 "인수위의 최종 입장이 나오면 정부와 당의 의견을 들어 최종 결정을 내릴 것"이라고 말했다.

또한 정 대변인은 "이에 따라 경인운하 사업이 중단 또는 백지화됐다고 단정적으로 보도하는 것은 문제가 있다"고 덧붙였다.