지역매체 보도에 따르면 문화재수리에 관한 법률과 건설산업기본법 등 문화재수리업체는 문화재수리업체로 등록하고 문화재 수리기술자 및 기능자 10명을 보유하도록 의무화 하고 있지만 선 체험관과 선 수련원의 시공을 맡은 H업체와 M업체는 문화재수리와는 거리가 먼 일반 종합건설업체인 것으로 밝혀졌다는 것.　

한편 <헤럴드경제>와 대구지역 언론 매체들은 지난 3월 10일자 기사를 통해 해당 공사와 관련 국비 50억원 시비 50억원 자부담 10억원이 투입된 총 130억원 공사에서 일반 공사비와 비교했을때 76억원 남짓이 부풀려 졌다는 의혹을 제기한바 있다.

동화사는 이에 반발해 <헤럴드경제>를 언론중재위에 제소한 후 조정을 통해 3월 27일자 기사에서 "국제관광선원의 공사비 단가는 문화재청에서 제작한 문화재수리 표준품셈 및 실무요약, 개정판 문화재수리 표준품셈, 2010년 건설품셈, EMS 통합내역 관리 시스템에 의거해 적정하게 산출된 것으로 확인돼 해당 기사를 바로 잡습니다."고 정정보도케 한바 있다.

그러나 이 같은 동화사의 주장에 대해 국제관광선원 조성공사는 일부 언론이 지적하고 있는 절차상의 하자라기 보다는 무자격 업체를 시공업체로 선정하면서 이 같은 고리를 통해 공사비가 흘러 들어갔을 가능성이 있다고 지적된 것.

실제 관련업계에 따르면 국제관광선원 공사에 문화재 표준품셈 등을 적용했으나, 공사 전반을 일반건설업체에서 맡아 시공을 했기 때문에 예상공사금액과 실제 공사금액에 상당한 차액이 발생한 것으로 알려졌다.　

대구시와 동구청 감사관실 관계자는 “국제관광선원 국비횡령에 대해 상급기관 등에서 조사를 진행하고 있기 때문에 정식 감사는 하지 않았다”며 “절차상 문제에 대해서 살펴봤을 뿐이다”고 말했다. 또한 감사원 및 수사기관 등에서는 이미 동화사의 국비횡령 의혹에 대한 면밀한 조사로 수사를 착수한 것으로 알려지고 있다.

한편 조계종 총무원 호법부는 동화사 주지임명과 관련 종정예하의 신성을 모독하는 행위에 대해 우려를 표하고 허위사실을 배포하는 유인물에 대해서는 단호하게 대처하겠다는 입장을 밝혔다.

호법부는 1일 오전 한국불교역사문화기념관 2층 회의실에서 가진 교계 브리핑을 통해 “종정예하의 위상을 훼손하는 행위는 그 방법과 수단을 떠나 있을 수 없는 행위이며, 종단을 위해하는 해종행위”라면서, “익명을 가장한 허위사실 유포행위에 대해 끝까지 그 책임을 물을 것”이라고 경고했다.